DrawMol pour Mac

DrawMol est une interface graphique puissante pour visualiser et construire des structures moléculaires.

Fonctionnalités

• Construisez une structure moléculaire à partir de zéro
  • Construisez une structure en cliquant et en faisant glisser pour ajouter des atomes et des liaisons.
  • Vous pouvez ensuite affiner votre structure en un clic en utilisant l'optimisation du champ de force UFF. Lors de la construction d'une structure, DrawMol peut deviner pour vous le type de liaisons (simples, doubles, triples ou aromatiques) ou vous pouvez le forcer en cliquant sur une liaison.
  • De plus, les atomes d'hydrogène peuvent être ajoutés automatiquement
  • Enregistrez votre structure au format xyz ou construisez un fichier d'entrée gaussian ou gamess directement.
  • Pour Gamess, si le programme est installé localement, vous pouvez même lancer le travail depuis DrawMol (en arrière-plan) et suivre la progression du travail.
  • Collez directement une structure dans l'Éditeur cartésien de DrawMol. Il peut reconnaître les formats XYZ, Gaussian, Gamess, Turbomole et Z-matrix.
  • L'Éditeur cartésien peut également être utilisé pour exporter la structure dans l'un de ces formats ainsi que pour modifier une structure donnée en ajoutant/enlevant des atomes ou en changeant un élément atomique donné.
  • Importez une structure depuis la base de données ChemSpider
• Visualisez la structure moléculaire ainsi que les propriétés moléculaires
  • Ouvrez les formats de fichiers XYZ, MDL molfile, journal Gaussian, fchk Gaussian, journal Gamess, sortie Dalton, sortie Molpro.
  • En plus de la structure moléculaire, DrawMol peut lire diverses propriétés moléculaires (pour l'instant uniquement disponibles pour le format de fichier fchk Gaussian) :
    • Charges de Mulliken
    • Moment dipolaire
    • Polarizabilité et première hyperpolarizabilité
    • Modes normaux vibratoires
    • Blindages magnétiques (NMR)
    • Orbitales moléculaires à partir de l'ensemble de base et des coefficients LCAO
    • Visualisez les propriétés moléculaires :
    • Étiquettes d'atomes
    • Charges de Mulliken
    • Dérives chimiques NMR
    • Vecteur de moment dipolaire
    • Vecteur bêta
    • Représentation de la sphère unitaire de la polarizabilité et de l'hyperpolarizabilité
    • Déplacements atomiques des modes normaux vibratoires via des vecteurs, des sphères ou même une animation
    • Isosurfaces d'orbitales moléculaires
    • Ouvrez des fichiers de cube gaussian et visualisez les isosurfaces des données stockées.
• De plus, DrawMol fournit des outils pour :
  • Faire coïncider deux molécules ou fragments entre eux en utilisant une procédure d'appariement (approche des moindres carrés)
  • Orienter l'axe Z d'une molécule pour qu'il soit soit perpendiculaire à un plan formé par trois atomes ou plus, soit passant par deux atomes ou plus en utilisant une approche des moindres carrés.
• Enregistrez n'importe quelle structure
  • Sous forme d'image soit en png, tiff, jpeg ou dae (Collada)
  • Sous forme de film pour l'animation des modes normaux
  • Sous forme de fichiers XYZ, CIF, PDB
  • Sous forme de fichier limol. Ce format est essentiellement un conteneur HDF5 qui stocke toutes les propriétés moléculaires ainsi que les préférences de visualisation.
  • Ce fichier peut être lu par DrawMol mais peut également être analysé facilement en utilisant C, Fortran, Python, … et même dump (avec l'utilitaire lidump) dans un fichier ASCII.