DrawMol für Mac

DrawMol ist eine leistungsstarke grafische Benutzeroberfläche zur Visualisierung und Erstellung molekularer Strukturen.

Funktionen

• Erstellen Sie eine molekulare Struktur von Grund auf
  • Erstellen Sie eine Struktur, indem Sie klicken und ziehen, um Atome und Bindungen hinzuzufügen.
  • Sie können dann Ihre Struktur mit einem Klick mithilfe der UFF-Kraftfeldoptimierung verfeinern. Beim Erstellen einer Struktur kann DrawMol für Sie den Typ der Bindungen (einfach, doppelt, dreifach oder aromatisch) erraten oder Sie können ihn durch Klicken auf eine Bindung erzwingen.
  • Darüber hinaus können Wasserstoffatome automatisch hinzugefügt werden
  • Speichern Sie Ihre Struktur im xyz-Format oder erstellen Sie direkt eine Gaussian- oder Gamess-Eingabedatei.
  • Für Gamess, wenn das Programm lokal installiert ist, können Sie den Job sogar von DrawMol aus (im Hintergrund) starten und den Fortschritt des Jobs verfolgen.
  • Fügen Sie direkt eine Struktur in den kartesischen Editor von DrawMol ein. Er kann XYZ-, Gaussian-, Gamess-, Turbomole- und Z-Matrix-Formate erkennen.
  • Der kartesische Editor kann auch verwendet werden, um die Struktur in einem dieser Formate auszugeben sowie um eine gegebene Struktur zu ändern, indem einige Atome hinzugefügt/entfernt oder ein gegebenes Atomelement geändert wird.
  • Importieren Sie eine Struktur aus der ChemSpider-Datenbank
• Visualisieren Sie molekulare Strukturen sowie molekulare Eigenschaften
  • Öffnen Sie XYZ-, MDL-Molfile-, Gaussian-Log-, Gaussian-fchk-, Gamess-Log-, Dalton-out-, Molpro-out-Dateiformate.
  • Neben der molekularen Struktur kann DrawMol verschiedene molekulare Eigenschaften lesen (derzeit nur verfügbar für das Gaussian-fchk-Dateiformat):
    • Mulliken-Ladungen
    • Dipolmoment
    • Polarizierbarkeit und erste Hyperpolarizierbarkeit
    • Vibrationsnormale Modi
    • Magnetische Abschirmungen (NMR)
    • Molekulare Orbitale aus dem Basissatz und LCAO-Koeffizienten
    • Visualisieren Sie molekulare Eigenschaften:
    • Atombezeichnungen
    • Mulliken-Ladungen
    • NMR-Chemieschichten
    • Dipolmomentvektor
    • Beta-Vektor
    • Einheitskugel-Darstellung der Polarizierbarkeit und Hyperpolarizierbarkeit
    • Atomare Verschiebungen von einem vibrationalen normalen Modus über Vektoren, Kugeln oder sogar Animation
    • Molekulare Orbital-Isosurface
    • Öffnen Sie Gaussian-Cube-Dateien und visualisieren Sie Isosurface der gespeicherten Daten.
• Darüber hinaus bietet DrawMol einige Werkzeuge, um:
  • Zwei Moleküle oder Fragmente mithilfe eines Matching-Verfahrens (Least-Square-Ansatz) aufeinander abzustimmen
  • Die Z-Achse eines Moleküls entweder senkrecht zu einer von drei oder mehr Atomen gebildeten Ebene oder durch zwei oder mehr Atome mithilfe eines Least-Square-Ansatzes auszurichten.
• Speichern Sie jede Struktur
  • Als Bild entweder im png-, tiff-, jpeg- oder dae-Format (Collada)
  • Als Film für die Animation der normalen Modi
  • Als XYZ-, CIF-, PDB-Dateien
  • Als limol-Datei. Dieses Format ist im Grunde ein HDF5-Container, der alle molekularen Eigenschaften sowie die Visualisierungseinstellungen speichert.
  • Diese Datei kann von DrawMol gelesen werden, kann aber auch einfach mit C, Fortran, Python, … und sogar mit dump (mit der lidump Utility) in eine ASCII-Datei exportiert werden.